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Papers I have already read
- Some Investigations Concerning the CTMC and the ODE Model Derived From Bio-PEPA (paper in proceedings, 2009) — Federica Ciocchetta, Andrea Degasperi, Jane Hillston, Muffy Calder
- Sostanzialmente, mi pare che si possa riassumere il tutto in una divisione per "h" delle concentrazioni dei reagenti. Più "h" è piccolo più ci si avvicina al modello ODE, dato che approssima le concentrazioni a numeri continui.
- Efficient Exact Stochastic Simulation of Chemical Systems with Many Species and Many Channels (article in journal, 2000) — Michael A. Gibson, Jehoushua Bruck
- Contiene la descrizione rapida del metodo diretto e del First Reaction, introduce il Next Reaction. Nell'appendice parla anche un po' del metodo diretto ottimizzato. Contiene la descrizione delle strutture dati, e una buona parte matematica.
Papers I want to read
- Situated Cellular Agents Approach to Crowd Modeling and Simulation (article in journal, 2007) — Stefania Bandini, Mizar Luca Federici, Giuseppe Vizzari