NETSCALE – Ricostruzione e modellazione delle dinamiche molecolari e genetiche alla base della precoce regionalizzazione degli embrioni di zebrafish e di seaurchin

• Funding Body: Università Italo-Francese — Project Galileo 2008/2009
• Project Acronym: NETSCALE* Project Full Title: "NETSCALE — Ricostruzione e modellazione delle dinamiche molecolari e genetiche alla base della precoce regionalizzazione degli embrioni di zebrafish e di seaurchin"
• Years: 2009-2010

Informazioni generali

Il Programma Galileo

Il Programma Galileo nasce con l'obiettivo di favorire la cooperazione scientifica tra Italia e Francia, istituito dal Ministero dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca, per l'Italia, dal Ministère des Affaires Etrangères et Européennes e dal Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche, per la Francia.
A tal fine il Programma finanzia le spese di mobilità per scambi di ricerca tra i due partner del progetto così da favorire la nascita di progetti in cooperazione su temi comuni.

NETSCALE: temi e obiettivi

Il progetto Galileo "NETSCALE" si è posto come obiettivo l'analisi spazio-temporale delle dinamiche intracellulari durante le prime fasi dello sviluppo morfogenetico di organismi multicellulari.  Tali dinamiche sono infatti riconosciute come responsabili della formazione di pattern spaziali di espressione genica.
Per il raggiungimento dell'obiettivo sono state applicate tecniche di acquisizione sperimentale e tecniche di modellazione e simulazione multi-scala.

Partners

• Alma Mater Studiorum—Università di Bologna, Cesena, Italy
  • Andrea Omicini (Coordinator)
  • Sara Montagna
  • Mirko Viroli
  • Matteo Campana
  • Alessandro Sarti
• DEPNS (CNRS), Gif-sur-Yvette, France
  • Nadine Peyriéras (Coordinator)
  • Sophie Desnoulez
  • Louise Duloquin

Publications

• A Computational Framework for Multilevel Morphologies (book chapter, 2012) — Sara Montagna, Mirko Viroli
• An Agent-based Model for the Pattern Formation in Drosophila Melanogaster (paper in proceedings, 2010) — Sara Montagna, Nicola Donati, Andrea Omicini
• A Framework for Modelling and Simulating Networks of Cells (paper in proceedings, 2010) — Sara Montagna, Mirko Viroli
• An Automatic Quantification and Registration Strategy to Create a Gene Expression Atlas of Zebrafish Embryogenesis (paper in proceedings, 2009) — Carlos Castro Gonzalez, Miguel Angel Luengo-Oroz, Sophie Desnoulez, Louise Duloquin, Laura Fernández-de-Manuel, Sara Montagna, Maria J. Ledesma-Carbayo, Paul Bourgine, Nadine Peyrieras, Andres Santos
• Parameter tuning of a stochastic biological simulator by metaheuristics (paper in proceedings, 2009) — Sara Montagna, Andrea Roli

Talks

• A Framework for Modelling and Simulating Networks of Cells  (talk, 10/06/2010) — Sara Montagna (Sara Montagna)

Theses

• Modellazione e simulazione ad agenti della morfogenesi di Drosophila Melanogaster (2nd cycle, 24/03/2010) — Nicola Donati
• Sviluppo di Metodi e Strumenti per l'Inferenza di Reti di Regolazione Genetica (1st cycle, 25/03/2009) — Adele Gori