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43 43  ** Spiega come calcolare i rates per fare la diffusione in maniera più realistica. Tiene in considerazione forma e massa delle molecole, è piuttosto complicato ma dovrebbe essere portabile su Alchemist. Alcuni calcoli di derivata ed integrale non sono completamente sviluppati, quindi c'è da fare un po' di lavoro aggiuntivo per riuscire a tirarne fuori una versione implementabile.
44 44  * {{pub}}Martin2006{{/pub}}
45 45  ** Simulatore per ambienti urbani. Poco rilevante per noi, ma fa bello sapere che l'hanno scritto in Java come noi abbiamo fatto con Alchemist. Evidentemente l'uso di quel linguaggio su software performance-oriented è tutt'altro che raro.
46 -* {{pub}}bioframework-cec09{{/pub}}
46 +* {{pub}}BioframeworkCec09{{/pub}}
47 47  ** Usano il vecchio simulatore multicompartimento per fare le righe col Drosophila.
48 48  * {{pub}}NikhilCACM201110{{/pub}}
49 49  ** Spiega come sia possibile (e presenta anche un linguaggio) ridurre un po' il gap fra i linguaggi per lo sviluppo di software e quelli per lo sviluppo di hardware. VHDL e compagnia risalgono agli anni 80, e nel mondo dell'hardware moderno c'è necessità di maggiore parallelizzazione. Viene presentato il linguaggio Bluespec SystemVerilog (BSV).
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53 53  ** Introduce un lavoro fatto sulla sicurezza, riassumendo il fatto che l'anonimizzazione dei dati (tramite, ad esempio, la cancellazione di nome e cognome) è un meccanismo largamente insufficiente alla difesa della privacy.
54 54  * {{pub}}SlepoyJPC2008{{/pub}}
55 55  ** Introduzione del metodo composition-rejection per slegare la complessità computazionale dell'algoritmo diretto di Gillespie dal numero di reazioni in gioco. Bellissima idea, peccato che tutto funzioni bene perché vale nei sistemi biologici l'assunzione che le propensity variano fra loro in modo limitato. La dipendenza dal numero delle reazioni viene rilassata forzando però la dipendenza dal divario fra le varie propensity: in un sistema dove ci sono reazioni molto veloci e reazioni molto lente, il numero di gruppi da formare aumenta (logaritmicamente) e conseguentemente peggiorano le prestazioni dell'algoritmo. Nel caso SAPERE, visto che esistono reazioni con semantica ASAP, e quindi con rate markoviano tendente a infinito, l'algoritmo è molto probabilmente peggiore del classico Next Reaction. Inoltre, essendo basato sul metodo diretto di Gillespie non sul First Reaction, impedisce il trattamento semplice di eventi e reazioni con distribuzione di probabilità non esponenziale.
56 -* {{pub}}sapere-woa2011{{/pub}}
56 +* {{pub}}SapereWoa2011{{/pub}}
57 57  ** Me l'hanno fatta presentare a WOA 2011. Solfa SAPERE.
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59 59  == Papers I want to read ==
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61 61  * {{pub}}DiNoiaJAIR2007{{/pub}}
62 -* {{pub}}tucson-wetice2004{{/pub}}
63 -* {{pub}}kuhn-revolution{{/pub}}
64 -* {{pub}}mas-ia2006{{/pub}}
65 -* {{pub}}aose-jaamas9{{/pub}}
66 -* {{pub}}selforg-bads11{{/pub}}
62 +* {{pub}}TucsonWetice2004{{/pub}}
63 +* {{pub}}KuhnRevolution{{/pub}}
64 +* {{pub}}MasIa2006{{/pub}}
65 +* {{pub}}AoseJaamas9{{/pub}}
66 +* {{pub}}SelforgBads11{{/pub}}
67 67  * {{pub}}WilliamsonIJSSST2010{{/pub}}
68 -* {{pub}}artifacts-selmasIV{{/pub}}
69 -* {{pub}}ai-ifipbook2009{{/pub}}
68 +* {{pub}}ArtifactsSelmasIV{{/pub}}
69 +* {{pub}}AiIfipbook2009{{/pub}}
70 70  * {{pub}}KwonTSE2011{{/pub}}
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