From version 10.1
edited by Andrea Omicini
on 25/12/2021 12:05
Change comment: There is no comment for this version
To version 11.1
edited by Andrea Omicini
on 25/12/2021 12:11
Change comment: There is no comment for this version

Summary

Details

Page properties
Content
... ... @@ -25,238 +25,38 @@
25 25  ** Ricorda tutta l'evoluzione storica della sicurezza in Java, mostrandone obiettivi e soluzioni.
26 26  * {{pub}}GreengardCACM201110{{/pub}}
27 27  ** Spiega i downside della vita in un mondo popolato dalle tecnologie. In particolare, spiega perché non mi ricordo mai nulla e ho bruciato la mia memoria a breve termine.
28 +* {{pub}}HymanCACM201112{{/pub}}
29 +** Articolo in ricordo di una persona che ha dato davvero tanto all'informatica.
30 +* {{pub}}IndurkhyaPLoSONE2010{{/pub}}
31 +** Descrive un metodo di fattorizzazione delle reazioni molto valido, ma per i nostri scopi problematico: forza il calcolo della propensity delle reazioni nel modo classico (impossibile l'uso di rate equations), forza le reazioni a non avere più di due reagenti (imposizione ereditata da Gillespie, ma che noi rilassiamo), ottimizza molto quando le stesse specie appaiono in molte reazioni come reagenti ma non come prodotti (evento piuttosto raro per noi, dato che modifichiamo i reagenti internamente senza rimuoverli, solitamente). Ottimo lavoro, ma scarsamente utilizzabile per i nostri scopi.
32 +* {{pub}}KampCACM1111{{/pub}}
33 +** Tratta il problema di dover fidarsi di codice che non è stato scritto interamente da sé stessi. Lettura molto piacevole, termina con la proposta di una legge di tre articoli per assegnare responsabilità a chi dovesse sfruttare il sistema di fiducia per diffondere malware.
34 +* {{pub}}KroekerCACM201110{{/pub}}
35 +** Parla dello stato dell'arte nell'integrazione tra cervello umano e computer.
36 +* {{pub}}KroekerCACM201112{{/pub}}
37 +** Parla dello stato dell'arte nella costruzione di macchine molecolari, ossia dell'utilizzo di componenti cellulari (DNA, proteine, etc.) per ottenere computazione. Allo stato attuale si riesce a computare la radice quadrata di qualunque numero (fino a 15) e ad arrotondare il risultato all'intero più vicino. Il tutto in 10 ore. Resta un po' in sospeso il fatto di capire quali applicazioni possano esserci per questi sistemi: probabilmente la risoluzione di problemi matematici non sarà particolarmente importante.
38 +* {{pub}}KuikkaniemiComputer2011{{/pub}}
39 +** Indicazioni generali sull'uso di display pubblici. Presenta i concetti di stage e di ruolo. Mostra applicazioni pervasive ed enfatizza l'uso sociale dei display. Analizza probabili evoluzioni hardware, si sofferma sulle possibili problematiche d'uso e design di luoghi pervasivi. Mostra esperimenti funzionanti (Napoli, Helsinki). Qualche idea su come ottenere dati per costruire il software che pilota i display (computer vision, cellulari). Scarso rilievo all'analisi di quello che il software deve fare per supportare un ambiente simile. Utile.
40 +* {{pub}}LanierCACM201112{{/pub}}
41 +** Bell'articolo sulle analogie fra le strategie di marketing di Apple e le tecniche utilizzate dai santoni indiani per far proseliti.
42 +* {{pub}}LeccaJoIB2010{{/pub}}
43 +** Spiega come calcolare i rates per fare la diffusione in maniera più realistica. Tiene in considerazione forma e massa delle molecole, è piuttosto complicato ma dovrebbe essere portabile su Alchemist. Alcuni calcoli di derivata ed integrale non sono completamente sviluppati, quindi c'è da fare un po' di lavoro aggiuntivo per riuscire a tirarne fuori una versione implementabile.
44 +* {{pub}}Martin2006{{/pub}}
45 +** Simulatore per ambienti urbani. Poco rilevante per noi, ma fa bello sapere che l'hanno scritto in Java come noi abbiamo fatto con Alchemist. Evidentemente l'uso di quel linguaggio su software performance-oriented è tutt'altro che raro.
28 28  
47 +* {{pub}}bioframework-cec09{{/pub}}
48 +** Usano il vecchio simulatore multicompartimento per fare le righe col Drosophila.
49 +* {{pub}}NikhilCACM201110{{/pub}}
50 +** Spiega come sia possibile (e presenta anche un linguaggio) ridurre un po' il gap fra i linguaggi per lo sviluppo di software e quelli per lo sviluppo di hardware. VHDL e compagnia risalgono agli anni 80, e nel mondo dell'hardware moderno c'è necessità di maggiore parallelizzazione. Viene presentato il linguaggio Bluespec SystemVerilog (BSV).
51 +* {{pub}}OSullivanQueue2009{{/pub}}
52 +** Confronta i sistemi di controllo della versione centralizzati (CVS, SVN) e distribuiti (Git, Mercurial). Evidenzia i casi in cui sono da preferirsi i primi ed i casi in cui sia invece meglio puntare sui secondi. Evidenzia punti di forza e di debolezza di ognuno. Per il tipo di sviluppo che si fa all'interno di una facoltà, un DCVS appare la scelta più ovvia e logica. Git e Mercurial sono molto simili, il primo ha una curva di apprendimento un po' più ripida ed è molto più Unix oriented.
53 +* {{pub}}ShmatikovCACM201112{{/pub}}
54 +** Introduce un lavoro fatto sulla sicurezza, riassumendo il fatto che l'anonimizzazione dei dati (tramite, ad esempio, la cancellazione di nome e cognome) è un meccanismo largamente insufficiente alla difesa della privacy.
55 +* {{pub}}SlepoyJPC2008{{/pub}}
56 +** Introduzione del metodo composition-rejection per slegare la complessità computazionale dell'algoritmo diretto di Gillespie dal numero di reazioni in gioco. Bellissima idea, peccato che tutto funzioni bene perché vale nei sistemi biologici l'assunzione che le propensity variano fra loro in modo limitato. La dipendenza dal numero delle reazioni viene rilassata forzando però la dipendenza dal divario fra le varie propensity: in un sistema dove ci sono reazioni molto veloci e reazioni molto lente, il numero di gruppi da formare aumenta (logaritmicamente) e conseguentemente peggiorano le prestazioni dell'algoritmo. Nel caso SAPERE, visto che esistono reazioni con semantica ASAP, e quindi con rate markoviano tendente a infinito, l'algoritmo è molto probabilmente peggiore del classico Next Reaction. Inoltre, essendo basato sul metodo diretto di Gillespie non sul First Reaction, impedisce il trattamento semplice di eventi e reazioni con distribuzione di probabilità non esponenziale.
57 +* {{pub}}sapere-woa2011{{/pub}}
58 +** Me l'hanno fatta presentare a WOA 2011. Solfa SAPERE.
29 29  
30 -
31 -* {{pub}}{{/pub}}
32 -**
33 -
34 -* {{pub}}{{/pub}}
35 -**
36 -
37 -* {{pub}}{{/pub}}
38 -**
39 -
40 -
41 -#set( $uid = "" )
42 -
43 -#set( $uid = "" )
44 -
45 -#set( $uid = "" )
46 -
47 -
48 -
49 -#set( $uid = "" )
50 -############################################################################################################
51 -~--~--
52 -----
53 -
54 -############################################################################################################
55 -#set( $uid = "HymanCACM201112" )
56 -#set ($sql = ", BaseObject as obj, StringProperty as prop where obj.name=doc.fullName and obj.className='Publications.PublicationClass' and obj.name<>'Publications.PublicationClassTemplate' and prop.id.id=obj.id and prop.name='univocalID' and (prop.value like '%$uid')")
57 -#foreach ($pub in $xwiki.searchDocuments($sql))
58 -#pubATVblock($xwiki.getDocument($pub).name)
59 -#end
60 -
61 -====== Comment: ======
62 -
63 -############################################################################################################
64 -Articolo in ricordo di una persona che ha dato davvero tanto all'informatica.
65 -############################################################################################################
66 -~--~--
67 -----
68 -
69 -############################################################################################################
70 -#set( $uid = "IndurkhyaPLoSONE2010" )
71 -#set ($sql = ", BaseObject as obj, StringProperty as prop where obj.name=doc.fullName and obj.className='Publications.PublicationClass' and obj.name<>'Publications.PublicationClassTemplate' and prop.id.id=obj.id and prop.name='univocalID' and (prop.value like '%$uid')")
72 -#foreach ($pub in $xwiki.searchDocuments($sql))
73 -#pubATVblock($xwiki.getDocument($pub).name)
74 -#end
75 -
76 -====== Comment: ======
77 -
78 -############################################################################################################
79 -Descrive un metodo di fattorizzazione delle reazioni molto valido, ma per i nostri scopi problematico: forza il calcolo della propensity delle reazioni nel modo classico (impossibile l'uso di rate equations), forza le reazioni a non avere più di due reagenti (imposizione ereditata da Gillespie, ma che noi rilassiamo), ottimizza molto quando le stesse specie appaiono in molte reazioni come reagenti ma non come prodotti (evento piuttosto raro per noi, dato che modifichiamo i reagenti internamente senza rimuoverli, solitamente). Ottimo lavoro, ma scarsamente utilizzabile per i nostri scopi.
80 -############################################################################################################
81 -~--~--
82 -----
83 -
84 -############################################################################################################
85 -#set( $uid = "KampCACM1111" )
86 -#set ($sql = ", BaseObject as obj, StringProperty as prop where obj.name=doc.fullName and obj.className='Publications.PublicationClass' and obj.name<>'Publications.PublicationClassTemplate' and prop.id.id=obj.id and prop.name='univocalID' and (prop.value like '%$uid')")
87 -#foreach ($pub in $xwiki.searchDocuments($sql))
88 -#pubATVblock($xwiki.getDocument($pub).name)
89 -#end
90 -
91 -====== Comment: ======
92 -
93 -############################################################################################################
94 -Tratta il problema di dover fidarsi di codice che non è stato scritto interamente da sé stessi. Lettura molto piacevole, termina con la proposta di una legge di tre articoli per assegnare responsabilità a chi dovesse sfruttare il sistema di fiducia per diffondere malware.
95 -############################################################################################################
96 -~--~--
97 -----
98 -
99 -#set( $uid = "KroekerCACM201110" )
100 -#set ($sql = ", BaseObject as obj, StringProperty as prop where obj.name=doc.fullName and obj.className='Publications.PublicationClass' and obj.name<>'Publications.PublicationClassTemplate' and prop.id.id=obj.id and prop.name='univocalID' and (prop.value like '%$uid')")
101 -#foreach ($pub in $xwiki.searchDocuments($sql))
102 -#pubATVblock($xwiki.getDocument($pub).name)
103 -#end
104 -
105 -====== Comment: ======
106 -
107 -Parla dello stato dell'arte nell'integrazione tra cervello umano e computer.
108 -----
109 -
110 -----
111 -
112 -#set( $uid = "KroekerCACM201112" )
113 -#set ($sql = ", BaseObject as obj, StringProperty as prop where obj.name=doc.fullName and obj.className='Publications.PublicationClass' and obj.name<>'Publications.PublicationClassTemplate' and prop.id.id=obj.id and prop.name='univocalID' and (prop.value like '%$uid')")
114 -#foreach ($pub in $xwiki.searchDocuments($sql))
115 -#pubATVblock($xwiki.getDocument($pub).name)
116 -#end
117 -
118 -====== Comment: ======
119 -
120 -Parla dello stato dell'arte nella costruzione di macchine molecolari, ossia dell'utilizzo di componenti cellulari (DNA, proteine, etc.) per ottenere computazione. Allo stato attuale si riesce a computare la radice quadrata di qualunque numero (fino a 15) e ad arrotondare il risultato all'intero più vicino. Il tutto in 10 ore. Resta un po' in sospeso il fatto di capire quali applicazioni possano esserci per questi sistemi: probabilmente la risoluzione di problemi matematici non sarà particolarmente importante.
121 -----
122 -
123 -----
124 -
125 -#set( $uid = "KuikkaniemiComputer2011" )
126 -#set ($sql = ", BaseObject as obj, StringProperty as prop where obj.name=doc.fullName and obj.className='Publications.PublicationClass' and obj.name<>'Publications.PublicationClassTemplate' and prop.id.id=obj.id and prop.name='univocalID' and (prop.value like '%$uid')")
127 -#foreach ($pub in $xwiki.searchDocuments($sql))
128 -#pubATVblock($xwiki.getDocument($pub).name)
129 -#end
130 -
131 -====== Comment: ======
132 -
133 -Indicazioni generali sull'uso di display pubblici. Presenta i concetti di stage e di ruolo. Mostra applicazioni pervasive ed enfatizza l'uso sociale dei display. Analizza probabili evoluzioni hardware, si sofferma sulle possibili problematiche d'uso e design di luoghi pervasivi. Mostra esperimenti funzionanti (Napoli, Helsinki). Qualche idea su come ottenere dati per costruire il software che pilota i display (computer vision, cellulari). Scarso rilievo all'analisi di quello che il software deve fare per supportare un ambiente simile. Utile.
134 -----
135 -
136 -----
137 -
138 -############################################################################################################
139 -#set( $uid = "LanierCACM201112" )
140 -#set ($sql = ", BaseObject as obj, StringProperty as prop where obj.name=doc.fullName and obj.className='Publications.PublicationClass' and obj.name<>'Publications.PublicationClassTemplate' and prop.id.id=obj.id and prop.name='univocalID' and (prop.value like '%$uid')")
141 -#foreach ($pub in $xwiki.searchDocuments($sql))
142 -#pubATVblock($xwiki.getDocument($pub).name)
143 -#end
144 -
145 -====== Comment: ======
146 -
147 -############################################################################################################
148 -Bell'articolo sulle analogie fra le strategie di marketing di Apple e le tecniche utilizzate dai santoni indiani per far proseliti.
149 -############################################################################################################
150 -~--~--
151 -----
152 -
153 -############################################################################################################
154 -#set( $uid = "LeccaJoIB2010" )
155 -#set ($sql = ", BaseObject as obj, StringProperty as prop where obj.name=doc.fullName and obj.className='Publications.PublicationClass' and obj.name<>'Publications.PublicationClassTemplate' and prop.id.id=obj.id and prop.name='univocalID' and (prop.value like '%$uid')")
156 -#foreach ($pub in $xwiki.searchDocuments($sql))
157 -#pubATVblock($xwiki.getDocument($pub).name)
158 -#end
159 -
160 -====== Comment: ======
161 -
162 -############################################################################################################
163 -Spiega come calcolare i rates per fare la diffusione in maniera più realistica. Tiene in considerazione forma e massa delle molecole, è piuttosto complicato ma dovrebbe essere portabile su Alchemist. Alcuni calcoli di derivata ed integrale non sono completamente sviluppati, quindi c'è da fare un po' di lavoro aggiuntivo per riuscire a tirarne fuori una versione implementabile.
164 -############################################################################################################
165 -~--~--
166 -----
167 -
168 -############################################################################################################
169 -#set( $uid = "Martin2006" )
170 -#set ($sql = ", BaseObject as obj, StringProperty as prop where obj.name=doc.fullName and obj.className='Publications.PublicationClass' and obj.name<>'Publications.PublicationClassTemplate' and prop.id.id=obj.id and prop.name='univocalID' and (prop.value like '%$uid')")
171 -#foreach ($pub in $xwiki.searchDocuments($sql))
172 -#pubATVblock($xwiki.getDocument($pub).name)
173 -#end
174 -
175 -====== Comment: ======
176 -
177 -############################################################################################################
178 -Simulatore per ambienti urbani. Poco rilevante per noi, ma fa bello sapere che l'hanno scritto in Java come noi abbiamo fatto con Alchemist. Evidentemente l'uso di quel linguaggio su software performance-oriented è tutt'altro che raro.
179 -############################################################################################################
180 -~--~--
181 -----
182 -
183 -############################################################################################################
184 -#set( $uid = "bioframework-cec09" )
185 -#set ($sql = ", BaseObject as obj, StringProperty as prop where obj.name=doc.fullName and obj.className='Publications.PublicationClass' and obj.name<>'Publications.PublicationClassTemplate' and prop.id.id=obj.id and prop.name='univocalID' and (prop.value like '%$uid')")
186 -#foreach ($pub in $xwiki.searchDocuments($sql))
187 -#pubATVblock($xwiki.getDocument($pub).name)
188 -#end
189 -
190 -====== Comment: ======
191 -
192 -############################################################################################################
193 -Usano il vecchio simulatore multicompartimento per fare le righe col Drosophila.
194 -############################################################################################################
195 -~--~--
196 -----
197 -
198 -############################################################################################################
199 -#set( $uid = "NikhilCACM201110" )
200 -#set ($sql = ", BaseObject as obj, StringProperty as prop where obj.name=doc.fullName and obj.className='Publications.PublicationClass' and obj.name<>'Publications.PublicationClassTemplate' and prop.id.id=obj.id and prop.name='univocalID' and (prop.value like '%$uid')")
201 -#foreach ($pub in $xwiki.searchDocuments($sql))
202 -#pubATVblock($xwiki.getDocument($pub).name)
203 -#end
204 -
205 -====== Comment: ======
206 -
207 -############################################################################################################
208 -Spiega come sia possibile (e presenta anche un linguaggio) ridurre un po' il gap fra i linguaggi per lo sviluppo di software e quelli per lo sviluppo di hardware. VHDL e compagnia risalgono agli anni 80, e nel mondo dell'hardware moderno c'è necessità di maggiore parallelizzazione. Viene presentato il linguaggio Bluespec SystemVerilog (BSV).
209 -############################################################################################################
210 -~--~--
211 -----
212 -
213 -############################################################################################################
214 -#set( $uid = "OSullivanQueue2009" )
215 -#set ($sql = ", BaseObject as obj, StringProperty as prop where obj.name=doc.fullName and obj.className='Publications.PublicationClass' and obj.name<>'Publications.PublicationClassTemplate' and prop.id.id=obj.id and prop.name='univocalID' and (prop.value like '%$uid')")
216 -#foreach ($pub in $xwiki.searchDocuments($sql))
217 -#pubATVblock($xwiki.getDocument($pub).name)
218 -#end
219 -
220 -====== Comment: ======
221 -
222 -############################################################################################################
223 -Confronta i sistemi di controllo della versione centralizzati (CVS, SVN) e distribuiti (Git, Mercurial). Evidenzia i casi in cui sono da preferirsi i primi ed i casi in cui sia invece meglio puntare sui secondi. Evidenzia punti di forza e di debolezza di ognuno. Per il tipo di sviluppo che si fa all'interno di una facoltà, un DCVS appare la scelta più ovvia e logica. Git e Mercurial sono molto simili, il primo ha una curva di apprendimento un po' più ripida ed è molto più Unix oriented.
224 -############################################################################################################
225 -~--~--
226 -----
227 -
228 -############################################################################################################
229 -#set( $uid = "ShmatikovCACM201112" )
230 -#set ($sql = ", BaseObject as obj, StringProperty as prop where obj.name=doc.fullName and obj.className='Publications.PublicationClass' and obj.name<>'Publications.PublicationClassTemplate' and prop.id.id=obj.id and prop.name='univocalID' and (prop.value like '%$uid')")
231 -#foreach ($pub in $xwiki.searchDocuments($sql))
232 -#pubATVblock($xwiki.getDocument($pub).name)
233 -#end
234 -
235 -====== Comment: ======
236 -
237 -Introduce un lavoro fatto sulla sicurezza, riassumendo il fatto che l'anonimizzazione dei dati (tramite, ad esempio, la cancellazione di nome e cognome) è un meccanismo largamente insufficiente alla difesa della privacy.
238 -############################################################################################################
239 -~--~--
240 -----
241 -
242 -############################################################################################################
243 -#set( $uid = "SlepoyJPC2008" )
244 -#set ($sql = ", BaseObject as obj, StringProperty as prop where obj.name=doc.fullName and obj.className='Publications.PublicationClass' and obj.name<>'Publications.PublicationClassTemplate' and prop.id.id=obj.id and prop.name='univocalID' and (prop.value like '%$uid')")
245 -#foreach ($pub in $xwiki.searchDocuments($sql))
246 -#pubATVblock($xwiki.getDocument($pub).name)
247 -#end
248 -
249 -====== Comment: ======
250 -
251 -############################################################################################################
252 -Introduzione del metodo composition-rejection per slegare la complessità computazionale dell'algoritmo diretto di Gillespie dal numero di reazioni in gioco. Bellissima idea, peccato che tutto funzioni bene perché vale nei sistemi biologici l'assunzione che le propensity variano fra loro in modo limitato. La dipendenza dal numero delle reazioni viene rilassata forzando però la dipendenza dal divario fra le varie propensity: in un sistema dove ci sono reazioni molto veloci e reazioni molto lente, il numero di gruppi da formare aumenta (logaritmicamente) e conseguentemente peggiorano le prestazioni dell'algoritmo. Nel caso SAPERE, visto che esistono reazioni con semantica ASAP, e quindi con rate markoviano tendente a infinito, l'algoritmo è molto probabilmente peggiore del classico Next Reaction. Inoltre, essendo basato sul metodo diretto di Gillespie non sul First Reaction, impedisce il trattamento semplice di eventi e reazioni con distribuzione di probabilità non esponenziale.
253 -############################################################################################################
254 -~--~--
255 -----
256 -
257 -#set( $uid = "sapere-woa2011" )
258 -Me l'hanno fatta presentare a WOA 2011. Solfa SAPERE.
259 -
260 260  == Papers I want to read ==
261 261  
262 262  * {{pub}}DiNoiaJAIR2007{{/pub}}